Я бы предложил такую программу. Исходим из 5 разъедных дней (кстати на сколько точно дней едут, когда, куда прилетают).

1 - Юнгфрауйох или Шильтхорн. Только в солнечный день. Если надо, расскажу подробнее: там есть нюансы и варианты.
2 - Ривьера (Шильон, Монтрё, Вёве). До Монтрё - 1,5 часа, там 5 мин. на автобусе до замка. И потом в обратном порядке.
3 - Берн + Муртен (ехать 40 мин.)
4 - Цюрих (ехать 1 час)
5 - Люцерн (ехать 1.05-1.30). Можно присовокупить Риги (от Люцерна 1.20), но это только в солнечный день.

Если летят Свиссом, то можно сдать багаж до Берна, налегке погулять по Цюриху или Женеве (куда прилетают) и получить багаж вечером в Берне на вокзале.
Если не Свиссом, то в аэропорту прилета можно отправить багаж по ж\д и далее см. предыдущее.
Тогда п.4 освобождается (если в Цюрих прилетают) и можно добавить Бриенц-Шпиц-Тун (маршрут реальный для одного дня - проверено).

Бриенцское озеро куда живописнее Тунского. Уж тогда по нему.

А когда? Зимой, весной, летом? Если позже апреля, то открывается много интересных мест, закрытых зимой: Арское ущелье и Райхенбадский водопад в Майрингене, водопады в долине Лаутенбрюннен, навигация по озерам и пр.
Если полная неделя (скажем, с субботы по субботу, т.е. 8 дн., то можно прибавить еще один разъездной день).
Прилетать крайне желательно утренним рейсом, тогда в день прилета можно посмотреть Цюрих и Женеву.

Может, кто-то из знающих подскажет, где можно снять апартаменты в самом Берне или в комнату в пансионе где-то в окрестности?
Едем на своей машине проездом с Чехии во Францию. Хотели бы остановиться на 1 (или 2) ночи.

Если проживание не в Берне, - как лучше добираться? Будет ли где запарковаться бесплатно или за разумную цену?

При поездrе в Вену мы имели такой вариант, - жили в уютном пансионе под Веной, поездом от нее - 15 мин. прямо в центр.
Последний раз поперлись с родителями в центр на своей машине, - собрали все пробки, + платили за стоянку 4 EUR/час.

Поделитесь своим опытом.