Спасибо, Марина! Советом воспользуюсь, тем более, что нам похоже, что от отеля до Аточи, что до Принсипе Пио одинаково.

Расписание скачала, спасибо! Надо будет в агентство зайти узнать: работает ли? Да, судя по переводу, закрыто в связи с тем, что не работает фуникулер. А к кресту еще фуникулер есть? Или это переводчик не точно переводит?

Я хотела съездить в Сеговию+Ла Гранха, поэтому еще Сеговию будет не втиснуть. Правильно ли я понимаю, что Ла Гранха - это городок, на территории которого и находится Дворцовый комплекс, судя по карте в самом городке тоже есть на что посмотреть. Или я ошибаюсь?

Вот попыталась составить программу по дням.

2 мая (сб)- приезд днем - Мадрид (там еще вроде праздник какой-то, хотела найти программу мероприятий, но пока не получилось)
3 мая (вс)- Сеговия+Ла Гранха
4 мая (пн) - Мадрид
5 мая (вт) - Саламанка
6 мая (ср) - Севилья
7 мая (чт) - Толедо
8 мая (пт) - Авила+Долина павших+Эль Эскориал
9 мая (сб) - Мадрид
10 мая - отъезд утром

Вопросы:
1. Не могу найти расписание региональных поездов Мадрид-Толедо-Мадрид, только скоростные AVANT выдает. Как писала Талюша проездной Abono действует только на региональные поезда и автобус, а на скоростные не действует.
Сколько вообще времени надо на осмотр Толедо?

2. Следует ли попробовать совместить в 1 день Авилу и Саламанку, они по пути идут. Получается: Мадрид 8.45-Авила 10.15, Авила 15.15-Саламанка 16.30, а обратно Саламанка-Мадрид на последних поездах. Или на Саламанку все же маловато времени будет?

3. Региональные ж/д билеты с указанием времени? Т.е., купив билет на региональный поезд Мадрид-Саламанка, я могу выйти в Авиле погулять, сесть на такой же региональный поезд и поехать в Саламанку или не могу? И надо брать отдельные билеты на каждый участок пути.

4. Если у меня Abono на 2 дня, первый день - на Толедо, второй день - на Эль-Эскориал+ Авила. 
Во второй день еду Мадрид- Эль Эскориал по Abono, покупаю билет на Эль Эскориал - Авила, а обратный прямой Авила-Мадрид. Могу ли я оплачивать только участок Авила-Эль-Эскориал, а Эль Эскориал -Мадрид уже ехать по Abono?

5. На сам Мадрид - не мало ли времени, учитывая, что в понедельник половину будет наверное закрыто?

Ну в общем вот такие путаные вопросы.
И заранее спасибо за ответы, советы и комментарии.

Я что-то ни по одной ссылке зайти не могу. Но это вроде автовокзалы. Мне по карте показалось, что вокзал далековато от отеля, поэтому хотела поехать в Толедо ж/д с Аточи, это нам пешком можно.
Но на Renfe не вижу расписания региональных поездов.

Вечерком дома посмотрю.
.

Да, надо попробовать заранее отправить запрос по mail, так как у нас есть только одна возможность в воскресенье, когда мы можем поехать на фонтаны, и это следующий день после нашего приезда. Учитывая, что в день приезда у них праздник и выходной, наверняка все турофисы будут закрыты.

На среду, когда работают фонтаны, у нас билеты в Севилью. А в субботу часть нашей группы уже улетит.

даже если они (региональные поезда до Толедо) существуют, что, наверняка, правда, время, потраченное при покупке билетов на них надо прибавлять ко времени в пути, испанцы специально пустили экспресс до Толедо и продают билеты туристам только на них, продавец даже развернет к вам свой монитор и покажет длинный перечень экспрессов, предлагая выбрать один. В случае Толедо экспресс действительно удобен (он быстрее), и, наверное, альтернатива, это автобус. Кстати, если Arial вас убедил и вы поедете в Саламанку на целый день, то я бы тоже взяла автобус с того же вокзала, что и Толедо. Там есть экспресс до Саламанки (3ч в пути, но проверьте, я была там 2 года назад) с очень удобными креслами, кожаными и гибкими как в бизнес-классе самолета. Оттуда мы возвращались обычным -  на полчаса больше.
.
вот оказывается их не существует
.
да и вокзал однозначно альваро мендес, там даже выходить не надо, просто пройти по указателям