Germon, вы будете жить в Priuli? ))
Классный отель. Мне особенно глянулся сьют Джироламо Приули. Это был дож Венеции и, кстати, именно при нём Сенат издал указ о "предметах роскоши", по которому с 1562 года гондолы красятся исключительно в черный цвет. Таким вот неожиданным образом престарелый дюк избавился от позора, связанного с прелюбодеянием юной супруги )) Легенда такая. Вроде бы это вы как-то любопытствовали по поводу цвета гондол.

минут 5 от отеля до причала Сан Заккария и 35-40 минут на вапоретто по Гранд Каналу. Не считая времени на ожидание вапора.

Трагетто не входит. Трагетто заведует Ассоциация венецианских гондольеров. Там работают те, кто ждёт пока помрут счастливчики, имеющие лицензию на гондолу.
В билет по транспорту входит:
•navigation in and to Venice, the Lido of Venice, Murano, Burano and Torcello, Punta Sabbioni;
•transport by road in Mestre and the Lido di Venezia up until Pellestrina.
•The connection to the Marco Polo Airport is also included (without any surcharge) with bus n. 5.
Где отоварить PNR:
http://www.veniceconnected.com/venice-connected-points
How do I use my PNR?
For transport and toilet services, you need to show your PNR at the Venice Connected Points you find at the city gates: airport, train station, and the car terminals of Tronchetto and Piazzale Roma. For visiting museums or accessing the municipal car park, just show your PNR when you enter.

правильно понимаете ))
1). Отдельный вход для прихожан (естественно бесплатный - люди же молиться идут) есть во многих церквях. но не всегда через него можно попасть в саму церковь. Во многих крупных церквях для прихожан отгораживается определенное место - туда и попадаешь. Это если месса совпадает со временем доступности церкви для туриста. Посещение же базилики Сан Марко бесплатно в приципе. А месса проводится рано утром, когда сам собор для праздной публики ещё закрыт. Во время дневных месс посещение некоторых частей собора может быть для публики ограничено. Вход для прихожан - через Porta dei Fiori с пьяцетты Леончини.
2). Подлинник квадриги находится в (отдельном) музее Базилики - это платно. Он находится в верхней части собора, выходящей балконом с копиями коней на пьяццу. Вход - в одной из колонн Атрия. Туда надо купить билет в кассе (тоже в Атрие) - это уже после входа по общей очереди. Войдя в Атрий, все сразу идут в Собор, а вам надо сначала купить билет в Музей. Цена 4 евро.
3). Пала д'Оро (Золотой алтарь) находится за мощами Св. Марка (его не видно) - платное посещение. Билет продается рядом - у капеллы Св. Климента. Цена 2 евро.
4). Сокровищница находится на южной стороне Собора - отдельный вход, отдельная плата (3 евро).

Последовательность посещения не имеет особого значения. Пала д'Оро и Сокровищница находятся внутри Собора. Там всё зависит от того, как пустят народ - по часовой или против.  Это надо сориентироваться на месте. Потому что потом пробиться против медленно прущего людского потока сложновато будет. Музей с балконом можно посетить как до, так и после осмотра собора. Но лучше до - т.к. вход на лестницу в Музей находится в потоке входа в Собор, а выйдя из Собора в Атрий надо будет трясти билетом перед охраной, чтобы снова попасть в поток входящих (и успеть нырнуть на лестницу в Музей))).

Какие-либо "комплексные" билеты в базилике СМ мне неизвестны. На сайте базилики они также не упоминаются. Учтите, что вход в Собор с сумками и рюкзаками не разрешается (где находится камера хранения - уже обсуждалось тут выше), фотографирование запрещено(официально).