До 1857 года Толстого нет в усадьбе. В конце 1850-х годов он вышел в отставку и вернулся в Ясную, хотя и не жил там постоянно, много времени проводя в Петербурге и Москве. Он поселился в одном из флигелей, ставшем со временем домом для него и его семьи — в нем он прожил более 50 лет. Вместе с ним в новый дом переехали старая мебель, книги, прадедовские зеркала XVIII века, фамильные портреты. Именно этот дом сегодня известен как Дом Л. Н. Толстого.
В это время Россия вступила в новую эпоху — неспешная усадебная жизнь уходила в прошлое. Толстой предпринял два заграничных путешествия, впечатления от которых повлияли и на ход яснополянской жизни, претворяясь в новые идеи и проекты хозяина усадьбы, творчески подходившего к любому делу. Вернувшись в Россию, он с жаром взялся за преобразования в Ясной. Одним из чудеснейших его начинаний стала школа для крестьянских детей, открытая в 1859 году во флигеле. Толстые называли его «другим домом», а позднее — Флигелем Кузминских. Это была абсолютно новая школа, построенная на принципах свободы и творчества.
23 сентября 1862 года Лев Николаевич женился на дочери московского гоф-медика Софье Андреевне Берс. Жизнь молодых большей частью проходила в Ясной Поляне, где молодой графине поначалу было нелегко освоиться. Постепенно она сумела стать настоящей хозяйкой усадьбы, и вскоре женская рука стала чувствоваться здесь во всем: дом стал уютнее и удобнее, вокруг него появились нарядные цветники.
Ясная Поляна преобразилась. Все больше внимания хозяйству уделял и Лев Николаевич. Он расширил дедовский яблоневый сад. Постепенно площадь яснополянских садов выросла в четыре раза и превысила 40 гектаров. Всего в Ясной Поляне было посажено пять садов: Красный, Молодой и Старый, а также сады у Дома Волконского и у Большого пруда.
Сады давали устойчивый доход имению. Их всегда сдавали в аренду съемщикам. Еще более масштабными оказались лесные посадки Толстого. Лесоводческая деятельность Толстого значительно расширила лесные массивы Ясной Поляны.
Немалое место в жизни Толстого занимали лошади. В Ясной Поляне лошади были всегда — и рабочие, и выездные. Лев Николаевич даже хотел вывести свою породу, скрещивая чистокровных английских верховых с быстроногими степными лошадками.
Кучерская изба.
Дом Волконского.
Дом Волконского — самое старое каменное здание в усадьбе. Вероятно, дом был возведен не Волконским, а появился ранее. При князе в центральной части дома располагались мастерские по изготовлению полотна, ковров, обработке кожи. При Толстом здесь жила прислуга, находились прачечная и «черная кухня». В восточном крыле Дома Волконского размещалась художественная мастерская дочери Толстого Татьяны Львовны.
За годы брака у Толстых родилось 13 детей. Пятеро из них умерли в раннем детстве, до зрелого возраста дожили восемь — сыновья Сергей, Илья, Лев, Андрей, Михаил и дочери Татьяна, Мария и Александра.
В 1881 году Толстые купили дом в Москве. Выросли старшие дети, им нужно было продолжать образование, дочерям нужно было выезжать в свет. Теперь зимы семья проводила в Москве.
Однако город тяготил писателя, ему была необходима «ванна деревенской жизни». Весной он стремился поскорее вернуться в Ясную Поляну, где ему так хорошо дышалось и работалось. В последние годы Толстой уже не переезжал на зиму в Москву, предпочитая покой и уединение Ясной.
К тому времени яснополянская усадьба уже не принадлежала Льву Николаевичу. Еще в 1892 году он, в соответствии со своими взглядами, отказался от собственности и разделил все, чем владел, между наследниками. Ясную Поляну получили Софья Андреевна и совсем еще маленький младший сын Ванечка, в 1895 году умерший от скарлатины в семилетнем возрасте.
Конюшня.
В последние годы жизни Толстого атмосфера дома изменилась в связи с семейным разладом. 28 октября 1910 года, ночью, тайно от семьи, 82-летний Лев Толстой покинул Ясную Поляну, отправившись в свое последнее путешествие. Сильно простудившись, он вынужден был сойти с поезда на железнодорожной станции Астапово. Там писатель скончался от воспаления легких 7 ноября.
9 ноября 1910 года он был похоронен на краю оврага в лесу Старый Заказ.
Могила Л. Н. Толстого