я вижу это так:
день прилета: дорога до аэропорта, размещение в отеле, погулять неспешно по сумеркам по центру (мы обычно гуляем: Форумы сверху посмотреть, Колизей снаружи, пройти по виа Корсо до пьяцца дель Попполо), на большее, наверное, нет смысла замахиваться

Женя, а насколько вам интересны музеи? вы намерены посетить музеи Ватикана, подниматься на башню собора Святого Петра? идти в галерею Боргезе, музеи Капитолия? или достаточно чего-то одного?

день 1 - Колизей+Палатин, Форумы, Алтарь Отечества, Капитолийский холм (музеи Капитолия, осмотр площади и смотровая площадка на форумы), мимо рынка Траяна по виа Кавур к церкви Сан-Пьетро ин Винколи (смотрим Моисея Микеланджело и вериги Святого Петра) - базилика Санта-Мария-Маджоре (можно посетить расположенную рядом Санта-Прасседе с византийскими мозаиками, за которые не нужно платить, как в Равенне) - базилика Сан-Джованни ин Латерано (но туда идти довольно долго), на обратном пути к отелю можно посмотреть районы, куда редко ходят туристы - Целий и Латеран

день 2 - Ватикан: музеи Ватикана, подъем на площадку Св. Петра, замок Св. Ангела (внутри и снаружи), прогуляться по Трастевере (оттуда сходить на остров Тибр), возможно, подняться на холм Яникул, чтобы оттуда смотреть на вечерний Рим

Юль, не помнишь, Базилика Санта-Мария дельи Анжели, которая рядом с Термини, допоздна работает? можно вечером в нее зайти в какой-то из вечеров (мимо вокзала все равно ходить, там супермаркет в подземном этаже до 23 ч работает)))

день 3 - мне кажется, оптимальный день для выезда куда-то на целый день (Флоренция, Витербо, Тиволи) - т.е. Рим уже посмотрели пару дней, и еще столько же впереди, а вечерком снова пройтись, скажем, по Трастевере, или сходить на Авентинский холм. Как вариант, можно съездить в Остию Антику (что-то вроде Помпей) - на полдня, тогда еще больше времени остается для Рима.

день 4 - галерея Боргезе (туда можно прийти через Термини и виа Венето) – парк виллы Боргезе со статуями – спуститься либо по Испанской лестнице на виа Кондотти/Фраттина и там погулять по магазинам, или совершить променад по улицам Бабуино и Маргута (двор, где жил Грегори Пек из Римских каникул, закрыт, проверено)), оттуда выйти на площадь дель Тритоне - снять фонтан с Тритонами и Пчелами - посмотреть за фонтаном Пчел церковь Санта-Мария дела Кончецьоне, где в крипте все из человеческих косточек, ее недавно открыли после реставрации, на мой взгляд, это круче, чем Костнице в Чехии)) - при желании сходить в палаццо Барберини (еще одна картинная галерея)

ближе к вечеру посмотреть виа Венето – если не успели в первые дни посмотреть Квиринал, то пойти к нему – снять фонтан Треви в вечерней подсветке – виа дель Корсо – Форумы и Капитолий в ночной/вечерней подсветке

день 5 - прогулка в другую сторону от Термини: Санта-Мария-делла-Виттория ("Экстаз Святой Терезы") и пара церквей рядом – площадь Четырех фонтанов и церковь Сан-Карло – Квиринал – площадь Барберини – виа Систина – верх Испанской лестницы – спуск по лестнице к виа Кондотти или виа Фраттина – фонтан Треви - Пантеон - церковь Санта-Мария-сопра-Минерва - мавзолей Августа – Кампо дель Фиоре – дворец Фарнезе – пьяцца Навона – пьяцца дель торре Арджентина (особенно хорошо наблюдать вечером за тенями важно шествующих по развалинам кошек – прямо тигры).

Юль, куда бы впихнуть кусок Марсово поле – термы Каракаллы – Санта-Мария ин Космедин (Уста Истины), как думаешь?