Рядом с Большим собором стоит Малый собор, он первым построен на территории монастыря в 1591-1593 гг. в честь Донского образа Богородицы. Собор выполнен в стиле типичной русской храмовой архитектуры XVI в. Первоначально состоял из одного основного бесстолпного объема, почти квадратного в плане, с одной шлемовидной главой и несколькими ярусами кокошников. Завершили ансамбль храма пристроенные в 1677-1678 гг. приделы во имя преподобного Сергия Радонежского и великомученика Федора Стратилата, а впоследствии – Трапезная часть (1673 г.) и шатровая колокольня (1679 г.)
В 1785 году собор расписывал итальянский художник Клауди. . Есть версия, что свои росписи в Донском монастыре он проводил по эскизам В.И. Баженова.
В 1930 гг. собор закрыли, в нем разместилось общежитие метрополитена. Однако с 1946 г. богослужения в храме возобновились. Кроме того, по благословению Патриарха Алексия I в Малом соборе, приписанном тогда к храму Ризоположения на Донской улице, была установлена мировареная печь. Мироварение в Малом соборе Донского монастыря продолжается и поныне, именно отсюда распределяется миро по всем приходам Русской Церкви.
В Малом соборе 12 апреля 1925 г. был погребен святитель Тихон, Патриарх Всероссийский. С мая 1922 года он пребывал (сначала под стражей) в бывших казначейских покоях у северных ворот монастыря и это длилось до середины января 1925 года, когда он переехал в клинику Бакуниных на Остоженке. Скончался он 7 апреля того же года в клинике и в Вербное воскресенье был похоронен в подклёте Малого собора. Наличие этого захоронения долгие годы вызывало сомнения. Но в 1991 году неизвестным злоумышленником Малый собор был подожжён. Во время ремонта были проведены раскопки, в ходе которых 19 февраля 1992 года было вскрыто захоронение Патриарха Тихона. Обретённые мощи святителя были положены в раку и впоследствии перенесены в Большой собор.
Значительную часть монастырской территории занимает исторический Некрополь. Уже в «Истории» Карамзина Донской монастырь упоминается как главное кладбище русского дворянства и богатого купечества. На памятниках можно найти такие громкие фамилии, как Вяземские, Голицыны, Грушецкие, Долгорукие, Трубецкие, Черкасские. В некрополе погребены и выдающиеся люди России — писатели, поэты, архитекторы, ученые: А. П. Сумароков, М. М. Херасков, В. Л. Пушкин (дядя поэта), П. Я. Чаадаев, В. Ф. Одоевский, В. И. Майков, О. И. Бове, В. И. Шервуд, В. О. Ключевский и многие другие. Среди захоронений есть и небольшие церкви-часовни.
Это больничная церковь Архангела Михаила построена в начале 19в. на месте более старой больничной церкви 18в., строилась новая церковь храм-усыпальница семейства Голицыных на средства Анны Александровны Голицыной, урожденной баронессы Строгановой. Храм выстроен в классических формах московского ампира.