Семья Франциско принадлежала к числу бакских патриотов и, естественно, придерживалась профранцузских взглядов. Отец, профессор университета в Болонье, являлся одновременно и председателем Тайного королевского совета Наварры. Испанцы побаивались подобных патриотов, старались принимать превентивные меры. По специальному указу в наваррских и баскских замках разрушали крепостные стены и другие оборонительные сооружения, оставляя владельцам лишь жилые помещения. Эта участь постигла и замок Хавьер. Старшие браться Франциска, такие же патриоты, как и отец, принимали участие в восстаниях против испанской монархии, Франциско же больший интерес проявлял к духовной жизни. В 1525 году отправился на учебу в Париж. Там он познакомился и подружился с другим сыном баскского народа – Игнатием Лойолой.
Результатом этой дружбы стало основание в 1534 году ордена иезуитов.
А это компаньоны, те, кто был у его истоков. Наш будущий святой Франциско Хавьер в верхнем ряду по центру
Не буду подробно расписывать его биографию, она широко известна. Остановлюсь на ключевом моменте. Франциско Хавьер считается самым успешным миссионером за все века после апостола Павла, разумеется. Благодаря его проповедям в христианство обратилось огромное количество людей. А сложность его миссии заключалась в том, что проповедовал он не у себя дома, а в Юго-Восточной Азии: Индии, Японии, Китае.
В 1540 году Игнатий Лойола получил письмо от португальского короля Жуана III с просьбой откомандировать своих проповедников в только что открытую Индию. Лойола откликнулся, собрался откомандировать Симона Родригеса, но тот заболел, и его место занял Франциско Хавьер.
Сначала он явился в Лиссабон, чтобы утрясти всяческие формальности. Пока ожидал отплытия, утешал молитвой больных и обращал к Богу тюремных заключенных.