В древности Цофинген был поселением кельтских гельветов, позже там обосновались римляне. В 1231 г. Цофинген впервые упоминается в летописи. В 1299 г. попал во владения Габсбургов. 1415 г. Город попал под влияние Берна. С 1803 Цофинген принадлежит кантону Аргау.
Исторический старый город является одним из наиболее хорошо сохранившихся в Швейцарии. Свой нынешний вид город получил в XVII и в начале XIII веке, когда средневековые дома постепенно были заменены здания в стиле барокко. Главная достопримечательность Цофингена - городская церковь, построенная в романском и позднеготическом стиле. Самые старые элементы трех частей нефа восходят к XII веку. 60-метровую башню в 1649 году украсил шпиль
С XV века существовали четыре профессиональные гильдии: земледельцы, мясники, стрелки-защитники и объединённое сообщество. Они не обладали политическим влиянием, преследовались лишь защита профессиональных интересов. Торговля и ремесла процветали: Цофинген был широко известен отливом из олова, отливом колоколов и художественной росписью по стеклу. А благодаря окружающим Цофинген густым лесам, город был известен даже в Италии. Древесина была настолько высокого качества и дорогостоящей, особенно высокие ели, что их даже экспортировали в Геную, где использовались в кораблестроительстве. В XVII-XIII веках успешно развивалась текстильная промышленность. А с XIII века повсеместная индустриализация позволила городу процветать. Город был настолько могущественным и влиятельным, что в первой половине XIII века там даже чеканили собственные монеты

Рядом с городом есть Парк дикой природы Heitern (или Wildpark Zofingen). Он  был открыт 1 июля 1897 года. В парке животных живут разные виды оленей: лань, красный олень, пятнистый олень и олень Аксис. К сожалению, кормить и гладить животных в этом парке нельзя.