Ватиканские гроты (Grotte Vaticane) – нижний уровень собора, где находятся гробницы нескольких пап, самая посещаемая, разумеется, предпоследнего понтифика Иоанна Павла II, тут всегда свежие цветы и много людей вокруг[5]. Кроме того, в гротах можно посмотреть на саркофаги пап, нескольких иностранных государей и на остатки мраморов и мозаики из древней константиновой базилики. И, конечно, главное – так называемое место исповедания святого Петра – Confessio – богато отделанная мрамором капелла, находящаяся над гробницей апостола (капелла отгорожена стеклом).
Вход в гроты находится рядом с подъемом на купол, немного левее.
Посещение собора и гротов бесплатное (за вход в церкви в итальянской столице плата не взимается).

Ватиканские некрополи.

Многим известно, что современный собор святого Петра стоит на старой базилике, построенной св. императором Константином Великим. Однако только в 30-х годах 20 века во время проведения раскопок стало известно, что под уровнем старой базилики есть еще один уровень, так называемые ватиканские некрополи.  Это захоронения I-IV века, расположенные вокруг одной большой гробницы, очевидно очень важной, так как остальные найденные захоронения буквально теснятся вокруг неё.

Официальный план Ватикана (из приложения к Латеранским соглашениям). На плане цветами обозначены:
тёмно-серый — территория города-государства Ватикан;
светло-серый — территория города-государства Ватикан, за поддержание правопорядка на которой отвечает Италия. Эта территория может быть в любой момент закрыта для публики и итальянской полиции для проведения особых церемониальных мероприятий; красный — небольшая полоса (3 м в ширину и 60 м в длину) рядом с северной колоннадой собора Святого Петра, являющаяся, согласно Латеранским соглашениям, территорией Италии и находящаяся в итальянской юрисдикции. Этот факт был предметом споров на совместной ватикано-итальянской комиссии, существовавшей до 1932 года для уточнения формулировок Латеранских соглашений. Однако, поскольку решения комиссии имели рекомендательный характер, Италия отказалась признавать результаты дискуссии и оставила полосу земли вдоль колоннады за собой;
обведённое синим — территория Италии, находящаяся во владении Святого Престола. Территория имеет экстерриториальный статус, итальянское право на ней не применяется;
также — территория в южной части плана (слева) закрашена светло-серым по ошибке и является территорией Италии.