4) "база" – Мюнхен / отель или апарт?
5) мы - музейно-церковные вояжёры; музеи, церкви, дворцы с парками/фонтанами – это мы любим.
6) только общественный транспорт!   
7) интересует Мюнхен и окрест (в пределах 2-2,5 часов езды).

добрый вечер! Я бы обязательно посоветовала посетить Ротербург об дер Тауберн. Это совершенно сказочный город. Просто игрушка. Еще, если любите дворцы - при переезде из Мюнхена в Зальцбург выйти на Кимзее (станцияПрин ам Кимзее), оставить багаж в камере хранения,затем проехаться на старинном паровозике до озера, на кораблике до Херренкимзее. Не знаю, сколько дней планируете провести в Зальцбурге, но посоветовала бы обязательно съездить оттуда в Берхтесгаден, хоть это и Бавария, но из Зальцбурга гораздо ближе, чем из Германии. И обязательно съездить в Санкт-Гильген и Санкт-Вольфганг тоже по озеруна кораблике. Ну, я думаю, что обязательная программа из Мюнхена это Нойшванштайн. Час езды - и вы в Нюрнберге. Я бы еще взяла день на посещение Линдерхофа, Этталя и Оберамергау. Я сама не была в Пассау, но слышала про него много всего хорошего. Почитайте в Инете, может хахотите туда поехать.

Обычно в обязательной программе - Резиденция, (Венская показалась интереснее) несколько церквей, Пинакотеки, причем, в Новой людей побольше. Начинать, если за один день, лучше со Старой по завершении осмотра, подкрепиться термоядерными пирожными и сносным кофе в буфете и можно нырнуть в Новую. Из произвольной, Глиптотека разочаровала, но понравился Баварский музей, почти пустые залы, а посмотреть есть на что: интересная скульптура, на некоторых граффити эпохи просвещения, несколько замечательных фарфоровых вещиц, картины, на одной такой чудесный глаз, увидишь, не отпустит. По некоторым источникам в музее самая большая коллекция рождественских ясель, многие выходят за тему вертепа.

На тему Идеальный город

Нимфенбург милый, обычно в него едут посмотреть фарфор (в Шлейсхейме фарфор не хуже и местечко симпатичное), а нам понравились портреты Баварских красавиц.
В Нойшвайнштайн, возможно, лучше с экскурсионной группой, транспорт туда обратно, плюс завезут еще в какое место.
Настраивайтесь сразу на не лучшую систему посещения: группами, по несколько минут в каждом зале, а следующая группа уже подпирает.
Если готовы потратить время на дорогу, Ротенбург об дер Таубер вне конкуренции.
Из близлежащих и легко доступных можно подумать об Аугсбурге и Фрайзинге. Нам понравились оба.
Выбор между отелем и аппартаментами, лучше заменить выбором местоположения и цены. Номера в отелях даже малой звездности не парижские и, как правило, с хорошим завтраком, а перекусить, что во время сиесты, что поздним вечером мест достаточно.

В прошлом году с 18 по 21 июня в Мюнхене был непрекращающийся дождь, температура не выше +10 и порывистый ветер, в предгорьях Альп прошёл снег.

Плюс 88 за Ротенбург в целом.

За отели богатые завтраки. Но в целом, цена плюс месторасположение решает, конечно. Вам в районе вокзала нужно смотреть, там куча отелей и не очень стрёмно, если не заходить в местный подпольный спортбар 

Прожил в Швангау неделю за два раза и собираюсь ещё  Там помимо замков куча всякого добра в шаговой доступности.

Интересы и условия практически прямо противоположные моим, но я попробую
3-4 радиальных выезда из Мюнхена, 1-2 дня плюс куски от предыдущих на сам город, потом с чемоданами на пару дней на Кимзее, оно у вас на дороге, ну или в Швангау, но это крюк, совсем от местной природы отказываться, думаю, не стоит, тем более она совмещена с вашим интересами. А оттуда уже в Зальцбург.
Для осмотра Мюнхена "снаружи" возьмите велосипед напрокат, очень удобно, кроме отрезка Карсплатц-Мариенплатц, где только пешком можно.
Аккуратнее с едой, порции, в основном, диких размеров, особенно в псевдоитальянских ресторанах.

Не мешает прочитать заметки ушедшего от нас доброй памяти alckonа. Нам они очень пригодились.