Цитадель Арк в плане он напоминает неправильный прямоугольник, немного вытянутый с запада на восток. Длина стен Арка составляет 789,60 метра, внутренняя площадь поверхности — 3,96 га, высота от уровня площади Регистан колеблется от 16 до 20 метров.

А если чуть подробнее, то археологами было доказано, что Бухара возникла южнее нижнего течения Зеравшана, который распадается здесь на несколько протоков, на низкой болотистой равнине, над которой и ныне возвышается массивный искусственный холм цитадели  Арк. Как полагали учёные, эта цитадель представляла собой разросшуюся, многократно перестраивавшуюся и достраивавшуюся укреплённую усадьбу. В V—VI веках она уже так расширилась, что превратилась в сильную крепость с двумя воротами (на западе и на востоке), высоко поднятую над равниной.
В VII веке укрепления цитадели были реконструированы и в ней возвели новый дворец бухарских правителей согдийской династии , план которого в магических целях повторял форму созвездия Большой медведицы. Рядом с дворцом были построены здания канцелярий, казнохранилище, тюрьма и храм. За западными воротами Арка простирались возделанные земли и сады, над которыми поднимались более двух тысяч укреплённых замков и стояли сотни загородных усадеб, тоже укреплённых и мало чем отличающихся от замков. Ворота выходили на площадь, называющуюся Регистан — "Песчаная".

Первая мечеть Бухары была построена арабами в 713 году в Арке  на месте языческого храма. Эта мечеть в конце VIII века была перенесена из цитадели вниз, на территорию между Арком и шахристаном.
В Арке наиболее крупный ремонт был произведён в 1164—1165 годы.
В средние века в Арке работали Рудаки, Авиценна, позднее Омар Хайам. Здесь также хранилась уникальная библиотека, о которой Авиценна писал: «Я нашёл в этой библиотеке такие книги, о которых не знал и которых не видел больше никогда в жизни. Я прочитал их, и мне стало ясно место каждого учёного в своей науке. Предо мною открылись ворота в такие глубины знаний, о которых я и не догадывался». Вероятнее всего, библиотека была разграблена во время одной из войн.

По данным хроник эпохи Тимуридов, весной 1405 года, после смерти Амира Темура, в преддверии междоусобной борьбы за престол, Мирзо Улугбек и Ибрагим Султан со своей казной и опекунами отправились в Бухару и остановились в крепости Арк. Здесь они на протяжении месяца занимались укреплением стен и ворот города. Хроники упоминают о существовании в то время, как и раньше, двух ворот Арка — восточных и западных.
Шли века, старые постройки заменялись новыми.
Эмир Шахмурад (1785—1800) разрушил многие старые здания светского назначения, а строительный материал использовал для построек и ремонта мечетей вне Арка. Новые постройки в Арке   начал эмир Хайдар, который в начале 19 в.  соорудил рядом приёмный зал, открытый на запад, а в другом месте — большое ханака, возле которого был колодец — чох, откуда доставали воду для полива имевшегося там цветника. При эмире Насрулле (1827—1860) выстроили ещё один приёмный зал с подвалом . При эмире Музаффаре (1860—1885) в Арке построили дом для русских послов; при эмире Абдулахад-хане (1885—1910) — каменное здание арсенала и пороховой склад курхона.

Последний вклад в разрушение Арка внесли большевики во время осады Бухары в 1920 году под командованием М. В. Фрунзе. По его приказу Арк бомбили с самолёта, пока осаждённые не были вынуждены сдаться. В результате большая часть крепости превратилась в хаос руин. Территория гарема эмира пострадала сильнее всего и, по оценке археологов, не подлежит восстановлению, поскольку в настоящий момент представляет собой лишь слежавшуюся глиняную массу.
После ликвидации Бухарского эмирата и бегства эмира в Арке возник пожар, продолжавшийся четыре дня. Тем не менее, часть построек в первое десятилетие ещё оставалась.

Пройдя этим тоннелем, оказываемся перед дворцовой мечетью Джоми, построенной в 19 веке для эмира и его знати. Колонны вырезаны из дерева карагач, которое боится влаги. Из-за этого между землей и колонной сделаны мраморные базы.

За стенами цитадели видны Шуховская башня со смотровой площадки, про подъем на нее будет дальше.

Внутри бывшей мечети сделали  экспозицию «Письменность в Бухаре».

Здесь представлены каллиграфические инструменты и древние книги, в центре находится  Коран, написанный от руки.