В короткое время “маленький грек”, как прозвал его Лютер, сделался самым популярным профессором; слава его привлекала в Виттенберг студентов со всех концов Европы, так что иногда в аудитории его набиралось до двух тысяч человек.
Его лекции греческого языка, в которых он объяснял Гомера и послания апостола Павла, посещались даже многими профессорами, в том числе и Лютером, отзывавшимся о нем с непритворным восхищением. Со своей стороны, Меланхтон скоро увлекся учением реформатора и много содействовал его распространению.
Особенно сблизил их Лейпцигский диспут, на котором присутствовал и Меланхтон.
Между ними весьма скоро завязались самые дружеские отношения, не прекращавшиеся до самой смерти Лютера, несмотря на все различие их характеров и темпераментов.
Трудно представить себе людей, более непохожих друг на друга, чем Лютер и Меланхтон. Один – смелый, настойчивый, упрямый. Другой – мягкий, кроткий, сдержанный и уступчивый.
Они прекрасно дополняли друг друга. Лютер одушевлял Меланхтона, внушал ему больше уверенности и энергии; Меланхтон сдерживал горячность Лютера, сглаживал его шероховатости.
Для реформатора он был незаменимым сотрудником. Меланхтон мог предоставить своему другу обширную эрудицию гуманиста, свой более изящный латинский стиль и – что всего важнее – свой систематизирующий ум, благодаря которому он стал первым систематиком протестантизма. Лютер метко охарактеризовал свою роль и роль своего главного сподвижника в деле реформы: “Мне самому приходится выдергивать пни и колоды, обрывать шипы, осушать трясины; я – грубый дровосек, прокладывающий дорогу, но мейстер Филипп работает чистенько и тихонько, обрабатывает и насаждает, сеет и орошает, ибо Бог щедро одарил его”.
Именно Меланхтон стал теоретиком нового религиозного течения и оформил его в стройную теологическую систему. Его «Аугсбургское исповедание» - основной трактат лютеранства и поныне.
Несмотря на временные разногласия дружба Лютера и Меланхтона не прерывались до самой смерти Лютера, во многом, благодаря мягкости самого Филиппа.
Лютер предназначал его себе в преемники, и после смерти Лютера (1546 г.) Меланхтон действительно встал во главе лютеранства.
Меланхтон умер через 14 лет после смерти друга в 1560 г.
Меланхтон был погребен рядом с Лютером в Замковой церкви Виттенберга.