В Виттенберг Лютер вернулся в марте 1522 г. и сразу обрушился с критикой на местных анабаптистов, настроенных на разжигание социальной борьбы. Он выступал против любых крайностей, призывая немцев к сплочению перед лицом «антихристовой» католической церкви. В Виттенберге вышли в свет два издания Нового Завета на немецком языке с предисловием Лютера.
В это время наблюдались разброд и шатания: старые христианские обряды никто не соблюдал; новые еще не сложились. Лютер посетил ряд церквей, чтобы своими глазами увидеть состояние дел. Повсюду, где он появлялся, люди толпами собирались послушать его проповедь.
По мере расширения лютеранского движения возникали новые проблемы. В частности, к ним относились трения между реформаторами и гуманистами. Выявилось существенное расхождение во взглядах Лютера и Эразма Роттердамского на природу человека. Дошло до того, что Эразм опубликовал памфлет, направленный против Лютера.
В 1524 году в Юго-Западной Германии началась крестьянская война. Главный удар восставшие крестьяне направили против церковных и дворянских владений. Лютер убеждал крестьян искать мирное решение проблем. Но когда он узнал, что восстание, перекинувшись на Тюрингию, сопровождалось захватом городов, замков, монастырей и массовыми грабежами, он переменил свое мнение и призвал к его насильственному подавлению. Словно ожидавшие осуждающих слов Лютера немецкие князья собрали свои силы для разгрома крестьянских отрядов.
Всего, по оценкам ученых, в ходе войны погибло около 100 тысяч крестьян.