Собор был опустошён гугенотами в 1562 году, позже восстановлен. В годы Великой Французской революции был перестроен хор, собор подвергся революционному вандализму.
В 1935—1936 годах хор был восстановлен в том виде, какой он имел в XII веке.
В соборе имели место важные события.
1245 год — в храме проходит Первый Лионский собор (он же 13-й Вселенский собор), созванный папой Иннокентием IV, на котором основным вопросом было низложение императора Фридриха II.
1274 год — в храме проходит Второй Лионский собор (он же 14-й Вселенский собор), созванный папой Григорием X в попытке объединения церквей. На нём играл видную роль Бонавентура, умерший во время этого собора. Много шума вызвало крещение главы посольства монгольского Абаки-хана.
1316 год — в храме проходит коронация папы Иоанна XXII.
декабрь 1600 — венчание Генриха IV и Марии Медичи.
12 декабря 1622 — интронизация Ришельё в качестве кардинала.
5 октября 1986 — папа Иоанн Павел II принимает в храме сотни страждущих.
