Скажу честно, в Малайзии не были, но я много про нее читала. На Яве были в прошлом июне(а также на Бали), в этом мае опять планируем туда(именно на Яву).
Мне кажется, что Ява больше подойдет тем, кого природные красоты интересуют-горы Бромо, Иджен, Кракатау,Мерапи, плато Диенг и прочая. Правда, и исторических там навалом-таких втыкающих как Борободур и Прамбанан.
Малайзия и Ява-в массе своей населены мусульманами. На Яве мы не заметили даже какого-либо намека на возможность конфликта, т.к. мы христиане. Но мы отдыхали в туристических местах, в том числе и на полуострове Пангандаран-тут белых хоть и по пальцам можно посчитать(мы за 10 дней троих встретили), но отдыхают мусульмане тоже отнюдь не ортодоксальные))).
А вот про Малайзию я читала рассказы туристов, что можно и нарваться на агрессию,например, если пара идет взявшись за руки(но это явно не относиться к столице, да и вообще может оказаться из области фейка).
Ну а в плане покушать-уж больно мы это любим, Яванской кухни как таковой несуществует, но морепродукты тут отменные!!а вот в Малайзии вроде как в плане кулинарии есть где потешить желудок.

В Куала Лумпуре на мой взгляд больше 2-х дней делать нечего. Что смотреть: знаменитые башни, дворец султана, пещеры Бату. Неплохой океанариум и сады бабочек, орхидей, птиц. Но если все это будете смотреть с Сингапуре, то в Куала Лумпуре посещать не стОит.

пардоньте, я -тормоз
при таких условиях я бы выбрала бы КЛ, т.к. Джакарта все же по большей части производственный город